Kurz nach der Einweihung der Kirche wurden alle Ausstattungsstücke der Gereonskapelle in die neue Kirche verbracht, da die Kapelle in städtischem Besitz war und darum baldmöglichst geräumt werden musste. Einzig ausgenommen war die Orgel, erbaut von Ludwig Weineck in Bayreuth, die direkt aus der Kapelle unentgeltlich an die evangelische Gemeinde in Marktheidenfeld ging. Der Altar der Gereonskapelle wurde zunächst im östlichen Nebenraum aufbewahrt. Seit spätestens 1917 befand er sich im westlichen Nebenraum, der Sakristei. Von dort wurde er vermutlich bei der Umgestaltung des Raumes 1938 entfernt und zehn Jahre darauf an die evangelische Gemeinde in Vestenbergsgreuth verkauft. Auch Kanzel und Taufstein bewahrte man in der neuen Kirche auf, die Kanzel auf dem Kirchenboden, den Taufstein dagegen im westlichen Nebenraum. Letzterer wurde 1962 der evangelischen Gemeinde Buttenheim geschenkt und befindet sich noch heute in der dortigen Schlosskapelle. Dagegen ist über das weitere Schicksal der Kanzel, die im Jahr 1936 noch einmal als vorhanden erwähnt wird, nichts bekannt. Die beiden Bronze-Glocken aus dem Dachreiter der Gereonskapelle wurden ebenfalls mit in die neue Kirche überführt, mussten aber im Jahr 1917 an die Heeresverwaltung abgeliefert werden.
Auch alle Vasa sacra der Gereonskapelle bewahrte man auf. Von ihnen sind heute noch einige Stücke erhalten, so das Altarkruzifix, die Taufkanne, die Abendmahlskanne, ein Abendmahlskelch wie auch mehrere Altarleuchter. Das Vortragskreuz aus der Gereonskapelle war in den neunziger Jahren des 20. Jahrhunderts noch auf dem Städt. Friedhof (Alter Friedhof) vorhanden, ist heute jedoch verschwunden.
Ebenso befinden sich heute in den beiden Nebenräumen Bilder, die schon die Gereonskapelle zierten: eine Radierung mit einer Christus-Darstellung und ein kleiner Druck mit dem Abendmahl nach Leonardo da Vinci im westlichen, je ein Öldruck mit den Portraits von Luther und Melanchthon aus dem Jahr 1883 und ein weiterer Öldruck mit einer Kruzifix-Darstellung im östlichen Nebenraum.
